Au lendemain des annees revolutionnaires de 1950, le football n'a guere retenu l'attention du nouveau regime communiste. L'equipe nationale avait adopte une vision plus internationale a l'epoque de Batista, mais le debut des annees 1960 a vu les matchs se rarefier sous Castro et lorsqu'ils etaient joues, il s'agissait generalement de matchs amicaux, la plupart du temps perdus, contre des Etats voisins.

Bien que deux matchs amicaux aient ete joues en 1962 a quelques jours d'intervalle contre Porto Rico et la Jamaique, la crise des missiles, quelques mois plus tard, a plonge le football encore plus dans l'ombre. L'isolement qu'il s'est impose a dure jusqu'en 1965, date a laquelle Cuba est revenu en force et a participe aux eliminatoires de la Coupe du monde 1966.